在注重食品安全、環境保護的趨勢下，台灣近年越來越多養殖業者決定加入生態養殖行列，然而台灣目前對生態養殖尚無明確定義及規範，時常出現在水產品外包裝的字樣，例如不用藥、使用益生菌、友善環境等等，大多出於養殖業者根據自身經驗統整的做法。另一方面，生態養殖生產過程背負更高風險、生產成本，該如何兼顧收益與環境，成為最大挑戰。
建立品牌可提高收益，但須維持穩定供貨
生態養殖業者都會面臨是否建立品牌，邁向自產自銷以提高收益的抉擇，但這並沒想像中簡單。雲林縣台西鄉生態養殖業者李宗燦，以自己養殖文蛤經驗為例，每批文蛤收成數量龐大，大多只能賣給盤商，於是2016年創立品牌「台西聚鮮」，標榜生態養殖，專賣超大顆文蛤，部分供應盤商，另一部分供應有機商店、一般民眾，拓展銷售管道。
文蛤收成上岸後真空保鮮，最佳賞味期只有10天，雖然供應有機商店價格較高，但每週都要出貨1－2次，不像交給盤商，少量、多次出貨僱工捕撈並不划算，李宗燦只能自行處理摸文蛤、吐沙、真空包裝等事宜，且剩餘文蛤不一定會平安長大，有可能因環境變動或疾病因素，而一夕之間大量暴斃，使他背負龐大風險成本與銷售壓力。
鰻鄉企業社負責人邱經堯與弟弟邱健程也在約2011年時決定推出品牌「邱家兄弟」，讓消費者更認識自家產品。冷凍水產品雖不像文蛤有短時間銷售的壓力，而目前台灣也並未規範冷凍水產品保存期限，但消費者仍會在意，他目前將保存期限設定為1年，通路商一般希望允收期限至少為三分之二保存期限，若期限內未賣出，產品價值就歸零。
邱經堯表示，建立生態養殖品牌得考量供貨穩定度，當產量不足以供應所有通路時，得面對捨棄部分通路的難題；另一種情況是自家產品銷售狀況很好，通路商希望增加供應量，產量卻不夠，通路商可能因此尋找其他生產者，萬一其他生產者報價更便宜，便有可能因此失去合作機會。
邱經堯指出，成立品牌之後才慢慢發現許多經營細節，例如每個通路利潤不同，得精算投入成本、收入是否合理，再提供報價，過程經歷一段撞牆期。「須要思考建立品牌自產自銷，對生產者的實際助益有多少。」
對生態養殖業者而言，成就感除了來自豐收的喜悅，也來自周遭欣欣向榮的生態環境。
借鏡國際趨勢，注重環境負荷、低成本投入
除了台灣外，加拿大、美國、印度尼西亞等國生態養殖發展也十分蓬勃，已有學者提出一套定義。澳洲新英格蘭大學教授貝瑞․科斯達—皮爾斯（Barry A. Costa-Pierce）是國際提倡生態養殖先驅之一，他在2015年提出生態養殖七大原則，明確指出生態養殖發展應涵蓋系統生態、生態工程、農業生態、社會生態等跨領域知識，並且提供經濟與社會利益。
台灣漁業經濟發展協會秘書長陳詩璋指出，台灣生態養殖的低密度相對於歐洲、非洲、東南亞國家等國外案例仍算高密度，但仍值得鼓勵，然而若養殖業者願意降低50%放養密度、減少使用環境用藥微生物製劑、藥物，對環境皆有幫助。
國外生態養殖與台灣相比，主要以放牧方式為主，從動物福利角度來決定放養密度、並將環境負荷納入考量。陳詩璋舉例，人工飼料中含有氮、磷，考量環境負荷程度，國外通常從漁獲量、飼料投餵量計算氮、磷排放比例，這是台灣生態養殖較少顧及的部分。另外使用地下水或外部水源會也會造成環境負擔，因此大多會使用雨水、潮差換水或是循環水再利用，台南市七股區也有養殖業者利用潮差換水，以節約能源。
「國外生態養殖比較朝向透過自然方式去維護生態鏈。」陳詩璋解釋，以人為方式控制水質，即使只是添加益生菌，仍是干預自然環境，例如原本每平方公尺水體含有5千隻細菌，人為添加益生菌後細菌數增加為1萬隻，就是生態改變，雖然這是一種生產管理方式，卻不符合國外生態養殖定義。另外，國外也會考量混養物種是否為當地原生物種。
陳詩璋表示，正因生態養殖風險高，國外操作生態養殖以低成本為原則，包括飼料、水電、生產設備等等，才能維持生產者獲利，例如部分東南亞國家會直接在河床三角洲養殖，使用類似定置網漁具，防止養殖生物隨水流走，僅須投入魚苗成本，食物、水源就依靠自然水流。
社區參與成為台灣生態養殖發展新方向
養殖業與周邊社區的連結亦是重要一環。陳詩璋表示，水產養殖管理委員會（ASC）、全球良好農業規範（GLOBALG.A.P.）、海洋管理委員會（MSC）等主要國際水產養殖驗證機構，皆強調與利益團體溝通，例如養殖業用水可能影響社區用水，養殖業者就須與當地居民溝通；另一方面，若養殖場位在如非洲、東南亞等收入水平較低的國家，也要求聘僱當地人管理養殖場，促進社區和諧並提供就業機會。
科斯達—皮爾斯亦指出，生態養殖應與當地社區結合，提供就業、培訓機會，提高經濟與社會最大價值；銷售產品不僅是賺取利潤，也應嘗試與其他當地產品共同行銷，帶動整體發展，例如旅遊、餐飲服務。不過，目前台灣多數生態養殖大多較為關注生態，較少提及當地民眾、社區參與，社團法人嘉義縣鄉村永續發展協會是少數已往此方向努力的例子。
同樣獲得第6屆國家環境教育獎的社團法人嘉義縣鄉村永續發展協會，理事長吳淑芳與先生陳清樟投入生態養殖僅3－4年，然而他們積極將生態養殖概念擴展到社區，促使鄰居改變養殖方式、提供社區新住民工作機會，甚至讓新住民成為生態養殖推廣者。
社團法人嘉義縣鄉村永續發展協會辦理導覽活動時，聘請當地新住民婦女烹調風味餐，也藉此活絡社區經濟。
夫妻倆剛投入生態養殖時什麼都不懂，只知道虱目魚可以與白蝦混養，靠著洽詢養殖專家、鄰居提供養殖經驗，從頭開始學起。「自己做是證明給人看，重點是要能大家一起做。」吳淑芳表示，生態養殖模式成功建立後，可能考量擴充規模，需要相同觀念的人加入，假設當地多了幾位生態養殖業者，就能互相支援、連結，帶動整個社區發展，所以希望把生態養殖概念引介到社區。
除了向當地人示範生態養殖，吳淑芳更將自己的魚塭規劃為參訪地點，並提供風味餐，銷售生態養殖產品及社區產品，例如以冬瓜、龍眼乾製成冬桂香酥。平日社區婦女與新住民在魚塭旁小屋製作虱目魚丸、一夜乾，每場導覽活動開始前，則有人負責準備材料、烹調風味餐、準備解說。在此經營模式下，經營者除了魚塭生產收入，還有解說費、餐費等收入，過程中也提供工作機會給當地居民。
導覽活動可為生態養殖業者帶來業外收入。
對生態養殖業者而言，成就感除了來自豐收的喜悅，也來自周遭欣欣向榮的生態環境。吳淑芳表示，當生態養殖觀念深植人心，口耳相傳下逐步融入生活，生活環境就會更好。例如曾有個年輕人到社團法人嘉義縣鄉村永續發展協會工作、了解生態養殖後，進而與祖父調整家中養殖模式，創造品牌「祖孫蝦」。
這幾年吳淑芳不僅逐步推動生態養殖、帶遊客體驗農村生活，更讓社團法人嘉義縣鄉村永續發展協會成為吸引年輕人回鄉的據點之一。在服務當地長者、新住民、關懷社區孩童的過程中，也讓生態養殖的理念走入更多家庭。
吳淑芳表示，生態養殖收益要能支持生計、維持運作，但不僅是為了累積財富。他的目標是希望結合友善環境、友善生產及社區關懷，不過度開發、產品重質不重量，減少環境衝擊，當環境變好，人的生活就會健康快樂。
